Cité serrée dans un étroit défilé entre Rhône et montagnes, a une vocation stratégique inscrite dans la nature. Les Celtes, puis les Romains, l'apprécièrent et y établirent une station militaire, administrative et religieuse. C'est là que les soldats thébains et leur chef Maurice subirent le martyre à la fin du IIIe siècle.
Les basiliques construites en leur honneur dès la fin du IIIe siècle allaient faire de ce "réduit" un important centre spirituel de l'Occident sous les Mérovingiens, Carolingiens, Burgondes, Savoyards et les empereurs du Saint-Empire.
Le lieu gardé les vestiges du passage successif de tous ceux qui l'ont habité, de la préhistoire à l'époque moderne.
Les premières indications sur son habitat sont données par deux épingles de bronze qui ornaient la tête d'une sépulture féminine. Plus tard, des objets en fer nous renseignent sur un nouveau mode de vie. On peut penser que la source qui jaillit au pied de la cour du Martolet a été pour quelque chose dans le peuplement de ce site. A l'époque romaine, les Nymphes sont vénérées dans ce coin de terre.
Le nom de la cité d'Acaunus, qui deviendra ensuite Agaune, dans lequel les spécialistes décèlent des racines celtiques, se rapporte au rocher tout proche. Celui-ci est tout à la fois un danger en temps ordinaire et une protection aux heures d'invasion.
Aux pierres et aux objets qui dévoilent à leur manière le passé, s'ajoutent les inscriptions. Le sol agaunois a livré une moisson abondante d'inscriptions. Un bon nombre de monuments anciens avec inscriptions ont été mis au jour ou trouvés réemployés dans des bâtiments abbatiaux. On peut les voir exposés dans le vestibule de l'Abbaye.
Des dédicaces lapidaires font connaître les dieux vénérés à Agaune avant l'implantation du christianisme. Ainsi on apprend qu'un esclave du nom de Montanus, suppléant du percepteur du péage des Gaules, consacre un monument à Mercure, le dieu romain des marchands et le patron des voyageurs, et il relève le temple abîmé par le temps. Un autre suppléant du percepteur, Daphnus, élève un monument au "Grand Jupiter", entre 198 et 212. L'un des principaux magistrats de la Civitas Vallensium, le duumvir Titus Vinelius Vegetinus, vénère Sedatus, dieu d'origine celtique (IIIe siècle).
Après le rattachement du Valais à l'empire romain, des dédicaces affirment très tôt le loyalisme de ses habitants à l'empire. Dans le vieux bourg d'Agaune, les Nantuates élèvent un monument à l'empereur Auguste, "leur patron", vers l'an 6 avant Jésus-Christ.
Les inscriptions qui rappellent qu'Agaune était une station de péage et un poste militaire expriment aussi l'attachement de la population à la cité et les liens familiaux entre ses membres.