Au XVIIe siècle, l'église abbatiale commencée en 1614 et consacrée en 1627 succède, sur un autre emplacement, à toutes celles que l'on connaît depuis le IVe siècle sans interruption. Les archives du couvent permettent, dès ce moment-là, de suivre la trace des orgues de la basilique. Le 23 février 1693, un incendie réduisit en cendres la plus grande partie de l'Abbaye, et de la ville de Saint-Maurice. Il semble bien que tout le mobilier de l'église fut anéanti. En 1721, en effet, un rapport de visite apostolique très détaillé ne cite pas l'orgue dans l'inventaire de l'église abbatiale.
Le 24 janvier 1727, l'abbé Charléty adresse une lettre de recommandation pour le facteur d'orgues Joseph Anderhalten d'Unterwarld. Ce document loue d'abord l'excellent travail du facteur d'orgues, puis il donne l'intéressante composition d'un instrument de 12 jeux que celui-ci vient de construire à l'Abbaye. Le 3 septembre 1805, un procès-verbal du Chapitre des chanoines de l'Abbaye indique que l'orgue est restauré selon une convention passée avec le facteur d'orgues Mathias Frydrich de Thiengue.
Le 24 juillet 1890, le Chapitre vote la construction d'un nouvel orgue et l'adjonction d'un édicule pour le recevoir. En mai 1893, le nouvel orgue conçu par les facteurs d'orgues Karlen et Abey de Brigue fut placé dans la nouvelle tribune. Le 3 mars 1942, un énorme bloc de rocher surplombant l'Abbaye vint s'abattre sur la tour de l'église dont une partie s'écroula, écrasant l'orgue et la tribune de 1893.
A la suite d'un concours et grâce à un mécénat extraordinaire de Madame Céline Bugnion-Lagouarde, la maison Kuhn de Maennederf-Zürich reçut le mandat de construire le nouvel instrument le 24 juin 1947. Le concert d'inauguration du nouvel orgue qui comprenait 72 jeux effectifs fut donné par Georges Cramer le 25 juin 1950. Le chanoine Georges Athanasiadès, encore dans les classes de virtuosité de Georges Cramer, devenait alors le titulaire de l'orgue de la basilique. Depuis 1957, les Semaines Grégoriennes, remplacées en 1963 par les Semaines Romandes de Musique Sacrée, proposent à des centaines de participants un enseignement théorique et pratique par des spécialistes de la liturgie et de la musique d'église. La tribune de Saint-Maurice accueille aussi des séminaires et des cours d'interprétation de la musique pour orgue donnés par Georges Athanasiadès. Le titulaire a également réalisé des enregistrements radiophoniques et une douzaine de disques à l'orgue de la basilique.
L'église abbatiale du XVIIIe siècle possédait un orgue de choeur dont il ne reste pas d'autre trace que sa mention dans le livre de comptes de l'abbé Jean Claret, en septembre 1744. Deux cents ans plus tard, lors de la construction du grand orgue, le chanoine Broquet et Georges Cramer avaient eu l'idée d'un orgue de choeur. Grâce au mécénat, en particulier celui de Georges Cramer, un orgue de choeur monté sur chariot mobile et comptant 14 jeux fut réalisé par la maison Kuhn, et inauguré le 21 mars 1985, le jour même du 300e anniversaire de Bach.