En 2001, suite a l'installation de Trinitas, un ancien élève du collège de l'Abbaye manifesta son intérêt pour le patrimoine campanaire abbatial et fit un don qui permit de se lancer dans un projet d'envergure: l'installation d'un carillon de plusieurs octaves.
La tour spacieuse offrait suffisamment d'espace pour un grand carillon, mais les premières idées du carillonneur étaient relativement modestes et ne prévoyaient qu'un instrument de trois octaves, basé sur le mi3, utilisant comme base toutes les cloches de volée Dreffet/Treboux de 1818. Les deux plus grandes nouvelles cloches à acheter n’auraient donc pesé respectivement que 550 kg et 300 kg. Mais, le projet se développant, on en vient rapidement à se fixer sur un instrument plus ambitieux, intégrant également les cloches de volée do#3 (Rüetschi 1947) et Trinitas (sol#2).
Au terme d'un appel d'offres international, commande fut passée à la Fonderie Eijsbouts d'Asten (Pays-Bas) pour un instrument de quatre octaves basé sur le do#3, entièrement chromatique dès ré#3, avec sol#2 comme dominante inférieure.
Ce carillon ne reprend que quatre des anciennes cloches (sol#2, do#3, mi3 et fa#3), les complétant par 45 nouvelles (ré#3, fa3 et sol3 à do#7) d'un poids total de 6'800 kg. Une analyse détaillée du son a en effet démontré qu’à défaut d’un réaccordage, seules quatre des cloches existantes se prêtaient à une intégration dans un nouveau carillon. Les quatre plus petites cloches ont donc été doublées, les anciennes servant comme jusqu'ici à la sonnerie en volée.
Le carillon de Saint-Maurice compte donc désormais 49 cloches, pour un poids total d'environ 14 tonnes de bronze, ce qui en fait le plus grand instrument de Suisse.
Les nouvelles cloches ont été installées dans la partie basse de la flèche du clocher, suspendues à un nouveau beffroi d’acier, juste au-dessus du beffroi en chêne de 1945, qui n’a pas été modifié et sert toujours aux cloches en volée.
Pour l'instant, le carillon ne bénéficie pas d'un automate, mais la possibilité d'installer un tel dispositif a été prise en compte dans l'agencement des cloches.
Après des visites aux carillons de Zutphen, Lochem et Nijmegen (Pays-Bas) en juillet 2002, on opta pour un clavier adoptant partiellement la configuration «2000», conçue par Richard Strauss, qui est en passe de devenir la nouvelle norme internationale.
L'espace disponible entre les solives du beffroi de 1945 ne permettant pas de loger un pédalier de deux octaves complètes, l’octave supérieure de ce dernier s’arrête au «la». L'axe clavier - pédales correspond au standard nord-américain, mais vu la taille relativement limitée du pédalier de Saint-Maurice, on a renoncé à prévoir une géométrie concave et radiale. A l’extrémité gauche, une pédale «sol2» est reliée au bourdon «Trinitas», alors qu’un «sib2» a déjà été placé en vue d’un agrandissement futur.
Le carillon a été solennellement béni le dimanche 20 juin 2004 sur le parvis de la basilique. Les parties métalliques du beffroi furent montées par grue le lendemain et les cloches suivirent le même chemin dès le 23 juin. Le montage, d’une durée de trois semaines, fut assuré par une équipe de quatre techniciens de la maison Eijsbouts.
Le 22 septembre 2004, l'instrument fut inauguré lors de la solennité de saint Maurice et ses Compagnons martyrs, fête patronale du monastère, avec le concours d'Andreas Friedrich, vice-président de la Fédération mondiale du carillon, et du chanoine François Roten, organiste, maître de choeur et carillonneur de l'Abbaye. À cette occasion, nombreux furent ceux qui eurent le courage de gravir les 145 marches du clocher pour admirer l'alignement soigné des 45 nouvelles cloches. Enfin, le dimanche 26 septembre, Maître Arie Abbenes (Pays-Bas) donna un concert de gala retransmis en direct par la Radio Suisse Romande, et les mélomanes purent constater la qualité de l'instrument qui trône maintenant dans le clocher de l'Abbaye d'Agaune.
Après la perte du grand carillon Petit & Fritsen de Libingen de 1965/67 (démonté, réinstallé à Salavaux, transformé en carillon ambulant «Papageno» et finalement vendu en 1996 à l’étranger), la Suisse possède enfin à nouveau, avec l'instrument de Saint-Maurice, un carillon qui n’a pas seulement une taille de plus de trois octaves, mais qui répond aussi aux plus hautes exigences quant à l’accordage des cloches et à la qualité du système de transmission.
Les premiers concerts ont montré que la très grande chambre des cloches, avec ses multiples parois réverbérantes, crée un son calme et doux bénéficiant d’un grand écho. Cet instrument se prête donc particulièrement bien à l'interprétation de la musique romantique.