La longue histoire de l'Abbaye de Saint-Maurice est intimement liée à celle de la ville du même nom.
La petite cité de Saint-Maurice est née dès l'époque préhistorique. Elle s'appelait alors "Acaunus", nom d'origine celtique : il fait allusion à une roche pointue, la "Cime de l'Est" qui domine la région. Le temps a fait évoluer le nom qui devient "Agaunum" à l'époque romaine. Dans l'étroit défilé par où le Rhône s'échappe du Valais pour courir vers le Lac Léman, l'Empire romain avait installé une garnison qui contrôlait les passages. En effet, Agaunum était sur la route du Summus Poenius (Col du Grand-Saint-Bernard) qui conduisait soit vers la Germanie rhénane, soit vers la Gaule septentrionale.
C'est ainsi que sous le règne simultané de Dioclétien et de Maximien, à la fin du troisième siècle, une troupe fut appelée d'Egypte, pour appuyer Maximien affronté aux Bagaudes et aux Alamans. Ces soldats s'appelaient thébains, du nom de Thèbes (Louksor) en Haute-Egypte. Cette troupe campait près d'Agaune et Maximien voulut contraindre ces soldats chrétiens à agir contre leur conscience en sacrifiant aux dieux et en persécutant d'autres chrétiens. Saint Maurice et ses compagnons décidèrent d'obéir à Dieu plutôt qu'aux hommes et ils périrent sous le glaive de la discipline romaine. Vers 430, Saint Eucher, évêque de Lyon, écrivit le récit de ces événements dans la "passion des martyrs d'Agaune".