Le touriste ou le pèlerin du troisième millénaire imagine-t-il, en entrant dans la basilique de l'abbaye de Saint-Maurice, que deux mille ans d'histoire l'attendent ? En effet, l'actuelle basilique est la huitième église construite en ces lieux. Deux millénaires d'histoire sont lisibles dans la pierre, les inscriptions, les oeuvres d'art.
Connue des Romains, la petite cité d'Agaune était un des passages obligés, lors du franchissement des Alpes, entre la Rome impériale et nos régions d'Helvétie, de Gaule et de Germanie. Une garnison romaine surveillait les lieux. Les grandes pierres taillées de l'appareillage de la base du clocher actuel semblent bien être une réutilisation d'une tour de garde du premier siècle.
Lieu militaire, mais aussi religieux. Des autels dédiés aux Nymphes, à Mercure témoignent des cultes romains de l'époque.
Un certain Vineiius Vegeinius a même fait élever une stèle 'au dieu apaisé' (Deo sedato). Ces inscriptions sont toutes visibles dans l'actuel hall d'entrée de l'abbaye elle-même.
Dans les catacombes proches de la basilique, on voit un arc romain du premier siècle. Il ouvrait probablement le chemin d'accès au temple des Nymphes.
En entrant dans la basilique actuelle, qui date du XVIIe siècle, on est frappé par le rythme donné par les colonnes soutenant des arcs de style gothique. Les colonnes sont en partie des réutilisations de colonnes d'églises plus anciennes.
En 1942, une chute de rocher écrase le clocher et une partie de la nef. La restauration de 1946 à 1949 fut conduite selon les plans de l'architecte Claude Jacottet, accompagné des conseils de la Commission fédérale des monuments historiques et de l'archéologue Louis Blondel de Genève. L'agrandissement de trois travées vers le Nord a permis de placer de magnifiques orgues remplissant d'une manière harmonieuse le fond de l'édifice.
Le côté Est a été agrandi et est constitué par une succession de chapelles latérales où se célébraient les messes individuelles avant la réforme liturgique du Concile Vatican II qui introduisit la concélébration. Ces chapelles et le choeur sont dotés de magnifiques vitraux d'Edmond Bille, terminés en 1950. L'artiste les voyait comme une "tapisserie lumineuse". La restauration de 1946 a permis de reconstituer le cloître, en style néoroman, sur l'emplacement d'un des anciens cloîtres que possédait autrefois l'Abbaye.