Les vitraux du chœur veulent signifier la glorification de saint Maurice et de ses compagnons. Edmond Bille les voyait "comme un Gloria dans le chant sacré". A gauche, les martyrs reçoivent les couronnes de gloire tandis qu'à droite la cavalcade céleste a des accents d'Apocalypse.
Le maître-autel, placé au fond du chœur, est daté de 1727. En 1920 Maurice Denis de Paris a réalisé la mosaïque du couronnement de saint Maurice. Autour de la coupole sont représentés, comme au-dessus des stalles, quatre saints significatifs pour l'abbaye : saint Maurice, saint Théodule, saint Sigismond et saint Augustin.
Les magnifiques stalles baroques, sculptées dans du noyer, et datées de 1706, sont l'oeuvre d'Alexandre Mayer et de son fils Jean-Pierre Mayer. C'est là que, chaque jour, les chanoines viennent chanter les Laudes, l'Office des Lectures, les Vêpres, la Messe et les Complies. L'autel avancé est de même facture que les stalles.
Cette année consacrée à l’Eucharistie et à la prière pour les vocations sacerdotales nous invite à approfondir le sens des lieux de nos célébrations. C’est en effet dans une église et sur un autel que se célèbre le sacrement du Corps et du Sang du Seigneur.
Au cours des siècles, nos Pères dans la foi ont mis l’accent sur plusieurs aspects de ce mystère : L’Eucharistie comme repas, suite de la Sainte Cène du jeudi saint, l’Eucharistie comme sacrifice, suit l’offrande de sa vie faite par le Christ le vendredi saint, ou encore l’Eucharistie comme action de grâce, dont le cri de victoire est l’Alleluia du matin de Pâques… Chacune de ces conceptions a influencé la mise en espace de l’action liturgique et l’agencement des lieux qu’elle utilise.
Notre basilique de Saint-Maurice, église cathédrale du Territoire abbatial, vient de vivre une restauration et un réaménagement intérieur. On y découvre maintenant des lieux mieux adaptés à la liturgie, avec un chœur largement ouvert vers la nef, et un nouvel autel noir de quelque cinq tonnes trônant sous l’arc triomphal. Une pierre de poids dont la couleur peut surprendre si on oublie que la Tradition considère le noir comme la couleur "au-delà du blanc", la couleur de l’indicible et de l’inatteignable.
Ce nouvel autel et chacun des autels de nos églises sont là pour nous rappeler que nous sommes, à la suite du Christ l’unique pierre angulaire (Ep 2,20), des pierres vivantes de l’église de Dieu (1P 2,4ss).
Au fond de l’abside, dominant l’espace de la basilique, se trouve la mosaïque de Maurice Denis. L’artiste a représenté Saint-Maurice et ses Compagnons dans l’acte d’offrande de leur vive en martyr. Maurice, au centre de ses frères d’armes, élève les mains et son corps tout entier prend la forme du calice où le prêtre offre le sang du christ. Les tonalités rouges du tableau nous ramènent à l’idée du sang versé en témoignage.
Le nouveau dallage du chœur de l’église abbatiale, de dominante vert foncé, reprend cette idée du sang qui coule en deux bandes jusqu’aux fidèles de la nef, signe de ce sang des martyrs qui, versé à la suite de celui du Christ, arrose notre terre et fait germer la vie de la grâce.
Les trois lieux liturgiques importants du chœur de notre église cathédrale sont soulignés par un pavement rouge : la zone de l’autel, où le Christ s’offre en sacrement son salut, celle de l’ambon où le Christ parle à son peuple dans l’Écriture, et celle du fond de l’abside, où se trouve la cathèdre, siège de l’Abbé, pasteur de l’église qui est en Agaune.
Lors de la dernière restauration en 1946, on a eu l'idée de construire un avant- chœur en forme de chancel, comme dans d'anciennes basiliques (par ex. Sainte-Sabine à Rome). Cela permit d'inscrire dans l'architecture l'ancien ambon du VIIIe siècle, récupéré d'une ancienne basilique locale. On trouve le même ambon à Romainmôtier. On y distingue un bas-relief montrant une croix ornée avec le raisin et le blé, symboles eucharistiques évidents. En équilibre avec la chaire, on sculpta dans le tuf le chandelier pour le cierge pascal.